Il formato di file PDB è uno standard strutturale utilizzato estensivamente nella bioinformatica e nella biologia strutturale per rappresentare le strutture tridimensionali di grandi molecole biologiche, come proteine, acidi nucleici e complessi assemblati. Sviluppati dal Protein Data Bank, questi file basati su testo contengono coordinate atomiche, assegnazioni di struttura secondaria, metadati sperimentali e dati cristallografici o di RMN. I ricercatori e gli scienziati fanno affidamento sui file PDB per visualizzare strutture molecolari, eseguire simulazioni di docking computazionale, analizzare le interazioni proteina-ligando e studiare la dinamica molecolare. Grazie alla sua struttura leggibile dall'uomo, il formato consente agli scienziati di analizzare facilmente i record degli atomi utilizzando script personalizzati o software di visualizzazione molecolare specializzati per ottenere approfondimenti sulle funzioni biochimiche e sui processi di scoperta di farmaci.