O formato de arquivo PDB é um padrão estrutural utilizado extensivamente em bioinformática e biologia estrutural para representar as estruturas tridimensionais de grandes moléculas biológicas, tais como proteínas, ácidos nucleicos e complexos moleculares. Desenvolvidos pelo Protein Data Bank, estes arquivos baseados em texto contêm coordenadas atômicas, atribuições de estrutura secundária, metadados experimentais e dados cristalográficos ou de RMN. Pesquisadores e cientistas dependem de arquivos PDB para visualizar estruturas moleculares, realizar simulações de acoplamento computacional (docking), analisar interações entre proteínas e ligantes, e estudar dinâmica molecular. Devido à sua estrutura legível por humanos, o formato permite que cientistas analisem facilmente registros de átomos usando scripts personalizados ou softwares especializados de visualização molecular para obter insights sobre funções bioquímicas e processos de descoberta de medicamentos.