El formato de archivo PDB es un estándar estructural utilizado ampliamente en bioinformática y biología estructural para representar las estructuras tridimensionales de grandes moléculas biológicas, como proteínas, ácidos nucleicos y ensamblajes complejos. Desarrollados por el Protein Data Bank (Banco de Datos de Proteínas), estos archivos basados en texto contienen coordenadas atómicas, asignaciones de estructura secundaria, metadatos experimentales y datos cristalográficos o de RMN (resonancia magnética nuclear). Los investigadores y científicos dependen de los archivos PDB para visualizar estructuras moleculares, realizar simulaciones de acoplamiento computacional (docking), analizar interacciones proteína-ligando y estudiar la dinámica molecular. Debido a su estructura legible por humanos, el formato permite a los científicos analizar fácilmente los registros de átomos utilizando scripts personalizados o software especializado de visualización molecular para obtener información sobre las funciones bioquímicas y los procesos de descubrimiento de fármacos.