Формат файла PDB представляет собой стандартный структурный формат, широко используемый в биоинформатике и структурной биологии для представления трехмерных структур крупных биологических молекул, таких как белки, нуклеиновые кислоты и сложные комплексы. Разработанные организацией Protein Data Bank (Банк данных белков), эти текстовые файлы содержат атомные координаты, назначения вторичной структуры, экспериментальные метаданные, а также кристаллографические данные или данные ЯМР. Исследователи и ученые полагаются на файлы PDB для визуализации молекулярных структур, проведения симуляций вычислительного докинга, анализа белок-лигандных взаимодействий и изучения молекулярной динамики. Благодаря своей удобочитаемой структуре этот формат позволяет ученым легко обрабатывать записи об атомах с помощью пользовательских скриптов или специализированного программного обеспечения для молекулярной визуализации, чтобы получить представление о биохимических функциях и процессах открытия лекарств.