Le format de fichier PDB est un format structurel standard utilisé intensivement en bioinformatique et en biologie structurale pour représenter les structures tridimensionnelles de grandes molécules biologiques, telles que les protéines, les acides nucléiques et les assemblages complexes. Développés par la Protein Data Bank, ces fichiers textuels contiennent des coordonnées atomiques, des attributions de structure secondaire, des métadonnées expérimentales ainsi que des données cristallographiques ou de résonance magnétique nucléaire (RMN). Les chercheurs et les scientifiques s'appuient sur les fichiers PDB pour visualiser des structures moléculaires, effectuer des simulations d'amarrage moléculaire (docking), analyser les interactions protéine-ligand et étudier la dynamique moléculaire. En raison de sa structure lisible par l'homme, ce format permet aux scientifiques d'analyser facilement les enregistrements d'atomes à l'aide de scripts personnalisés ou de logiciels de visualisation moléculaire spécialisés afin d'obtenir des informations précieuses sur les fonctions biochimiques et les processus de découverte de médicaments.