Das PDB-Dateiformat ist ein standardisiertes Strukturformat, das in der Bioinformatik und Strukturbiologie extensiv genutzt wird, um die dreidimensionalen Strukturen großer biologischer Moleküle wie Proteine, Nukleinsäuren und komplexer Anordnungen darzustellen. Entwickelt von der Protein Data Bank, enthalten diese textbasierten Dateien Atomkoordinaten, Sekundärstrukturzuweisungen, experimentelle Metadaten sowie kristallographische oder NMR-Daten. Forscher und Wissenschaftler verlassen sich auf PDB-Dateien, um Molekülstrukturen zu visualisieren, computergestützte Docking-Simulationen durchzuführen, Protein-Ligand-Interaktionen zu analysieren und die Molekulardynamik zu untersuchen. Aufgrund seiner für Menschen lesbaren Struktur ermöglicht das Format Wissenschaftlern das einfache Parsen von Atomdatensätzen mithilfe eigener Skripte oder spezialisierter Molekülvisualisierungssoftware, um Einblicke in biochemische Funktionen und Prozesse der Wirkstoffforschung zu gewinnen.