Il formato di file MMTF (Macromolecular Transport Format) è una rappresentazione binaria altamente efficiente, progettata specificamente per la memorizzazione e la trasmissione di strutture macromolecolari 3D su larga scala, come proteine, DNA e RNA. Sviluppato per affrontare i colli di bottiglia legati alle prestazioni dei formati tradizionali di biologia strutturale come PDB e mmCIF, MMTF utilizza la serializzazione MessagePack per ottenere dimensioni dei file drasticamente ridotte e velocità di analisi (parsing) superiori. Ciò lo rende eccezionalmente adatto per la visualizzazione molecolare basata sul web e per le applicazioni bioinformatiche interattive, dove la larghezza di banda e le prestazioni di rendering sono critiche. Comprimendo i dati delle coordinate, le proprietà atomiche e i metadati strutturali in un flusso binario compatto, MMTF consente ai ricercatori di trasmettere in streaming e visualizzare enormi assemblaggi biologici direttamente all'interno dei browser web e di software scientifici specializzati, senza ritardi significativi o un consumo eccessivo di risorse.