O formato de arquivo MMTF (Macromolecular Transport Format) é uma representação binária altamente eficiente, projetada especificamente para o armazenamento e transmissão de estruturas macromoleculares 3D em larga escala, tais como proteínas, DNA e RNA. Desenvolvido para solucionar os gargalos de desempenho dos formatos tradicionais de biologia estrutural, como PDB e mmCIF, o MMTF utiliza a serialização MessagePack para alcançar um tamanho de arquivo drasticamente menor e velocidades de análise (parsing) mais rápidas. Isso o torna excecionalmente adequado para visualização molecular baseada na web e aplicações de bioinformática interativa, onde a largura de banda e o desempenho de renderização são críticos. Ao comprimir dados de coordenadas, propriedades atômicas e metadados estruturais em um fluxo binário compacto, o MMTF permite que pesquisadores transmitam e renderizem grandes conjuntos biológicos diretamente em navegadores web e softwares científicos especializados, sem atrasos significativos ou consumo excessivo de recursos.