El formato de archivo MMTF (Macromolecular Transport Format) es una representación binaria altamente eficiente diseñada específicamente para almacenar y transmitir estructuras macromoleculares tridimensionales a gran escala, tales como proteínas, ADN y ARN. Desarrollado para abordar los cuellos de botella de rendimiento de los formatos tradicionales de biología estructural como PDB y mmCIF, MMTF utiliza la serialización de MessagePack para lograr un tamaño de archivo drásticamente menor y velocidades de análisis sintáctico (parsing) más rápidas. Esto lo hace excepcionalmente adecuado para la visualización molecular basada en web y aplicaciones interactivas de bioinformática, donde el ancho de banda y el rendimiento de renderizado son críticos. Al comprimir los datos de coordenadas, las propiedades atómicas y los metadatos estructurales en un flujo binario compacto, MMTF permite a los investigadores transmitir y renderizar ensamblajes biológicos masivos directamente dentro de navegadores web y software científico especializado sin un retraso significativo ni un consumo elevado de recursos.