Le format de fichier MMTF (Macromolecular Transport Format) est une représentation binaire hautement efficace conçue spécifiquement pour le stockage et la transmission de structures macromoléculaires 3D à grande échelle, telles que les protéines, l'ADN et l'ARN. Développé pour pallier les goulets d'étranglement en matière de performances des formats de biologie structurale traditionnels comme le PDB et le mmCIF, le MMTF utilise la sérialisation MessagePack pour obtenir une taille de fichier considérablement réduite et des vitesses d'analyse (parsing) plus rapides. Cela le rend exceptionnellement bien adapté à la visualisation moléculaire basée sur le Web et aux applications de bioinformatique interactive où la bande passante et les performances de rendu sont critiques. En compressant les données de coordonnées, les propriétés atomiques et les métadonnées structurelles dans un flux binaire compact, le MMTF permet aux chercheurs de diffuser en continu (streaming) et de rendre des assemblages biologiques massifs directement dans les navigateurs Web et les logiciels scientifiques spécialisés, sans décalage significatif ni consommation excessive de ressources informatiques.