Das MOL-Dateiformat, allgemein bekannt als MDL Molfile, ist ein chemisches Standard-Dateiformat, das verwendet wird, um Informationen über Atome, Bindungen, Verknüpfungen und Koordinaten von chemischen Molekülen zu speichern. Dieses Format wurde von Molecular Design Limited (MDL) entwickelt und wird in der Chemoinformatik und der computergestützten Chemie intensiv genutzt, um molekulare Strukturen so darzustellen, dass sie sowohl für Menschen als auch für spezialisierte Software leicht lesbar sind. Eine typische MOL-Datei besteht aus einem Vorspann (Header-Block) mit Metadaten, einer Verbindungstabelle (Connection Table), die Atomlisten mit ihren kartesischen 3D- oder 2D-Koordinaten enthält, sowie einer Bindungsliste, die detailliert beschreibt, wie die Atome verknüpft sind und welche Bindungstypen vorliegen. Aufgrund seiner Standardisierung und Einfachheit dient es als grundlegendes Format für den Austausch chemischer Daten über verschiedene chemische Datenbanken, molekulare Modellierungssoftware und elektronische Laborbücher hinweg.