Le format de fichier MOL, communément appelé MDL Molfile, est un format de fichier chimique standard utilisé pour stocker des informations détaillées sur les atomes, les liaisons, la connectivité et les coordonnées spatiales des molécules chimiques. Développé par Molecular Design Limited (MDL), ce format est largement utilisé en chimioinformatique et en chimie computationnelle pour représenter les structures moléculaires d'une manière facilement lisible par les humains et les logiciels spécialisés. Un fichier MOL typique se compose d'un bloc d'en-tête contenant des métadonnées, d'une table de connexion listant les atomes avec leurs coordonnées cartésiennes 3D ou 2D, et d'une liste de liaisons détaillant la manière dont les atomes sont connectés ainsi que le type de liaisons impliquées. Grâce à sa standardisation et sa simplicité, il sert de format fondamental pour le partage de données chimiques entre diverses bases de données chimiques, logiciels de modélisation moléculaire et cahiers de laboratoire électroniques, facilitant ainsi l'échange et l'analyse des structures moléculaires.